Blåhovedede dværgaraer lever oftest i par eller i grupper på 3-4 individer, men de kan i perioder forme flokke med over 60 individer.
I naturen flyver de blåhovedede dværgaraer ligesom andre araer til nærliggende lerbanker og spiser af den tørre ler. Førhen troede man, at mineraler i leret modvirker de giftstoffer, som fuglene får i sig, når de spiser umodne frugter, men nu mener man i stedet, at fuglene spiser leret, fordi det indeholder salt (Natrium), som de ellers har svært at få igennem føden.
De voksne fugle laver reder i huller højt oppe i træerne. Tre måneder efter udklækning er ungerne flyvefærdige. I tiden efter tager forældrene nogle gange deres unger med til lerbankerne.

Denne gruppe dværgaraer er konfiskeret af Naturstyrelsen fra en privat ejer, da der ikke var en ”CITES” tilladelse til at importere fuglene (CITES er en international aftale om handel med udryddelsestruede vilde dyr og planter).